Sau đó ông phụ trách Đoàn Thanh niên Tự vệ, Phó Bí thư Thành ủy Hà Nội kiêm Phó Chủ tịch Ủy ban Hành chính thành phố Hà Nội trong thời gian Bác sĩ Trần Duy Hưng làm Chủ tịch Ủy ban Hành chính[8], đóng góp rất nhiều công sức cho công tác xây dựng chính quyền thời kỳ đầu[9], tham gia nhiều công việc dân chính đảng khác nhau, quân sự, kinh tế, hành chính, đảng vụ.

Năm 1946 ông là Đại biểu Quốc hội Việt Nam khóa I đại diện khu vực Sơn Tây,[10] Chủ tịch Ủy ban nghiên cứu đình chiến,[11] Bí thư Thành bộ Việt Minh tại Hà nội.[12]

Ngày 22 tháng 2 năm 1947 ông Khuất Duy Tiến, Phó Chủ tịch Ủy ban Hành chính Hà Nội, được cử kiêm Phó Cục trưởng Cục Chính trị Bộ Quốc phòng, Trưởng phòng Dân quân trong Cục Chính trị.[13]

Tháng 7-1947, Uỷ ban kháng chiến và Uỷ ban Hành chính thành phố Hà Nội được hợp nhất thành Uỷ ban Hành chính kháng chiến Hà Nội gồm có năm người: 3 uỷ viên hành chính, 1 nhân viên, 1 uỷ viên quân sự. Tháng 10-1947, Uỷ ban Hành chính kháng chiến được đổi tên thành Uỷ ban Kháng chiến hành chính. Đến đây, Hà Nội đã có một chính quyền tập trung, thống nhất điều hành cuộc kháng chiến. Đây là hình thái chính quyền đặc thù, vừa làm chức năng lãnh đạo kháng chiến, vừa làm chức năng quản lý hành chính trong hoàn cảnh thành phố đã bị địch kiểm soát.[8],[14].Ông giữ cương vị Chủ tịch đến giữa năm 1947, người thay thế là ông Trần Lưu Phụng.

Tháng 8 năm 1947 ông làm Cục trưởng Cục Ngoại thương (Bộ Kinh tế)[15],

Năm 1948 ông chuyển sang làm Đổng lý sự vụ Bộ Nội vụ một thời gian[16], sau đó làm Chủ tịch Ủy ban Hành chính Kháng chiến Khu Đặc biệt Hà Nội (sau khi Hà Nội sáp nhập với Hà đông và là một khu thuộc Liên khu III), cơ quan đóng tại khu vực Chợ Cháy, Xuân Tình, Trầm Lộng trên trục đường Cống Thần đi Ứng Hòa; Phó Bí thư Thành ủy Hà nội kiêm Trưởng ban Tuyên huấn.[17]

Năm 1949 ông là Ủy viên thường vụ Đặc khu ủy Hà nội.[18]

Năm 1952 ông giữ chức Ủy viên Ủy ban Kháng chiến Hành chính Liên khu IV.